20181028-20181028-Install-R-RstudioServer-Git-In-CentOS7.rmd

1 R Notebook-20181028-Install-R-RstudioServer-Git-In-CentOS7

20181028-Install-R-And_Rstudio-In-CentOS

1.1 CentOS7安装R及Rstudio Server

1.1.1 一、先来安装R

1.1.1.1 使用yum安装方式搭建R环境-推荐

安装Extra Packages for Enterprise Linux (EPEL);安装EPEL可以使你更方便的从EPEL来安装R语言，而无需通过其他途径来安装R。如果你运行的是RedHat或CentOS系统的话，你也要安装EPEL来确保RStudio Server正常运行。

CentOS7 64位版本安装EPEL的代码如下：

# sudo yum install  epel-release
# 接下来运行： 
# yum upgrade

EPEL成功安装后，使用以下代码便可以轻松的进行R语言的安装：

# sudo yum install R 

在Terminal试输入R，看能不能运行，可以的话就OK。不行的话就只能按自己出现的情况百度，google了。

1.1.1.2 使用源代码安装方式搭建R环境

1.1.1.2.1 1.下载R软件

使用下面命令下载R软件

# wget http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz

1.1.1.2.2 2.解压

执行下列命令解压R软件，并切换到解压目录中。

#解压命令
# tar -zxvf R-3.0.1.tar.gz

#切换目录
# cd R-3.0.1                      

1.1.1.2.3 3.安装

安装R软件，并设置好工作路径，后面配环境变量时需要。

# yum install readline-devel
# yum install libXt-devel
# mkdir -p /home/work/R
# # 设置工作路径
# ./configure --prefix=/home/work/R --enable-R-shlib 

# 接下来执行代码安装：
# make
# make install

1.1.1.2.4 4.配置环境变量

此处的R路径为上面安装时的–prefix=/home/work/R

# #添加到PATH中： PATH=/home/work/R/bin:$PATH
# vim ~/.bash_profile  
# source ~/.bash_profile  

1.1.1.2.5 5.测试

# R

# R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
# Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
# Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
# 
# R是自由软件，不带任何担保。
# 在某些条件下你可以将其自由散布。
# 用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。
# 
# R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.
# 用'contributors()'来看合作者的详细情况
# 用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。
# 
# 用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或
# 用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
# 用'q()'退出R.

1.1.2 二、安装Rstudio Server

去官网下载一个https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/ 自己找找，总有一款适合你。我的系统是Centos 7 64bit。

# @2018-10-28我的是：
# $ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.1.456-x86_64.rpm
# $ sudo yum install rstudio-server-rhel-1.1.456-x86_64.rpm

# 两行命令查看是否安装成功
# $ rstudio-server verify-installation
# $ ps -aux | grep rstudio-server

[siqin@localhost ~]$ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.1.456-x86_64.rpm –2018-10-28 17:37:25– https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.1.456-x86_64.rpm 正在解析主机 download2.rstudio.org (download2.rstudio.org)… 52.85.82.34, 52.85.82.209, 52.85.82.189, … 正在连接 download2.rstudio.org (download2.rstudio.org)|52.85.82.34|:443… 已连接。 已发出 HTTP 请求，正在等待回应… 200 OK 长度：45678052 (44M) [application/x-redhat-package-manager] 正在保存至: “rstudio-server-rhel-1.1.456-x86_64.rpm”

100%[======================================>] 45,678,052 2.60MB/s 用时 16s

2018-10-28 17:37:43 (2.66 MB/s) - 已保存 “rstudio-server-rhel-1.1.456-x86_64.rpm” [45678052/45678052])

1.1.3 三、在浏览器中启动Rstudio

Linux下使用浏览器访问,可以开始R语言的学习了： http://[你的IP地址]:8787，例如http://192.168.1XX.XX:8787 其中你的IP地址可以在linux下输入 ifconfig 获取。 inet 192.168.140.128
netmask 255.255.255.0
broadcast 192.168.140.255

输入账号密码后，浏览器出现Rstudio界面 http://192.168.140.128:8787

1.1.4 四、RStudio Server新建用户多人在线协作开发

root用户无法登陆，新建一个用户进行登陆 useradd -d /home/R -m R，创建用户的同时指定主目录 passwd R，设置密码

1.1.4.1 增加新用户案例1

# ~ sudo groupadd hadoop 
# ~ sudo useradd hadoop -g hadoop;
# ~ sudo passwd hadoop 
# ~ sudo adduser hadoop sudo
# ~ sudo mkdir /home/hadoop 
# ~ sudo chown -R hadoop:hadoop /home/hadoop

1.1.4.2 测试账号设置成功

# ~ ssh hadoop@localhost
# ~ bash
# ~ pwd
# /home/hadoop

新打开浏览器窗口通过 hadoop账号登陆

1.1.4.3 添加新用户 案例2

添加用户的命令为：

# useradd username -u uid -p password

千万记得将uid设定为大于100的数字，大于500更好。

也许你会发现使用新创建的用户名依然无法登录，至少我的情况是这样。对此，我找到了解决办法，即通过修改RStudio Server的用户组限制来解决。

在设置用户组权限之前，必须先创建2个配置文件，RStudio Server在安装时不会自动创建这两个文件，必须手动操作。代码如下：

# $ touch /etc/rstudio/rserver.conf
# $ touch /etc/rstudio/rsession.conf
# $ ls

编辑rserver.conf文件并添加以下代码：

auth-required-user-group=rstudio_users

其中，你可以将“rstudio_users”命名为任何你想要的群组名字。

接下来，将刚才新建立的用户名添加到该用户组：

# $ groupadd rstudio_users
# $ usermod -g rstudio_users -G rstudio_users username
# $ rstudio-server restart

重启RStudio Server之后，你会发现终于可以用新用户登录啦！赶紧来体验在iPad上操作R的感觉吧！

还有一件事情必须注意噢！ 如果你使用其他电脑的浏览器来远程使用R的话，请确保至少采用以下版本的浏览器：

• Firefox 10;

• Safari 5.0;

• Google Chrome 15.

RStudio Server原生并不支持IE浏览器，但是你可以通过安装谷歌浏览器内嵌框架这个IE插件来实现IE操作。

如果你希望了解更多部署RStudio Server的信息，请前往RStudio Server Website进行了解。

1.1.5 五、RStudio Server配置

RStudio有2个配置文件，但是默认情况下，这2个文件没有创建，如果我们要修改这个配置，需要先创建这2个文件：

# [root@rac1 rstudio]# touch /etc/rstudio/rserver.conf
# [root@rac1 rstudio]# touch /etc/rstudio/rsession.conf

# [root@rac1 rstudio]# ls
# installed rserver.conf  rsession.conf  secure-cookie-key

创建配置文件之后就可以进行修改，修改完毕之后可以使用命令来验证修改的有效性：

[root@rac1 rstudio]# rstudio-server test-config

注意：

这个命令在启动和关闭RStudio server 时也会自动执行。当配置无效时，这个验证也会报错。

1.1.5.1 配置网络端口和地址

默认的端口是8787，如果我们想改成其他端口，可以在/etc/rstudio/rserver.conf 文件中添加并修改参数：

www-port=80

–这里我们是将端口改成80.

默认情况下，RStudio 是将IP地址绑定到0.0.0.0， 这样任何客户地址都可以访问。 我们可以改成其他地址，添加并修改参数：

www-address=127.0.0.1

修改完毕之后要验证参数有效性，并重启rstudio-server。

# [root@rac1 rstudio]# rstudio-server test-config
# [root@rac1 rstudio]# rstudio-server restart
# Stopping rstudio-server:                                   [  OK  ]
# Starting rstudio-server:                                   [  OK  ]

1.1.5.2 设置扩展库

如果我们添加其他的library到默认LD_LIBRARY_PATH 中指定库，可以通过rsession-ld-library-path参数，在/etc/rstudio/rserver.conf 文件中添加external library的位置即可，如：

rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someapp/lib

1.1.5.3 指定R 版本

默认情况下，RStudio server 运行时使用的R是系统PATH中指定的R，这个位置可以使用which R确定，如果我们的系统上有多个版本的R，那么可以使用rsession-which-r参数指定RStudio 使用哪个版本的R。 如：

rsession-which-r=/usr/local/bin/R

在/etc/rstudio/rserver.conf文件里添加这个参数之后，必须重启rstudio server 才能生效。

1.1.5.4 设置用户限制

如果有大量的用户使用，那么会消耗很多的资源，可以限制一些用户对资源的使用。

在/etc/rstudio/rserver.conf文件中添加auth-required-user-group参数，可以指定访问rstudio 的用户：

auth-required-user-group=rstudio_users

1.2 Git-Github集成-代码迭代与版本控制

1.2.1 安装Git

1.2.1.1 方法一 源码安装Git

# ubuntu安装git
# sudo apt-get install git

# //先安装git依赖的包 
# yum install zlib-devel 
# yum install openssl-devel 
# yum install perl 
# yum install cpio 
# yum install expat-devel 
# yum install gettext-devel 
# 
# //安装autoconf 
# yum install autoconf 
# 
# //安装git 
# wget http://www.codemonkey.org.uk/projects/git-snapshots/git/git-latest.tar.gz 
# tar xzvf git-latest.tar.gz 
# cd git-{date} 
# autoconf 
# ./configure --with-curl=/usr/local 
# make 
# make install

1.2.1.2 方法二推荐-yum安装epel后yum安装Git

# yum安装（epel源）
# sudo yum install epel-release
# yum install git  

# 测试安装成功：
# git --version

1.2.2 Github的rsa私钥 & 公钥

# 生成rsa密钥对
# ssh-keygen -t rsa

# 查看公钥并把公钥并上传到github
# cat /home/siqin/.ssh/id_rsa.pub

# ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQC1ZsNi2Rew4z3aq6ALXo4LMz8w6gYLpAnb8RqqiLTjTqVHqJapC8lVgqTciJ54ShpCD8/BFqmCWwx4LgiVWnJOyCkXKLFhS2rlr9qJlkfKgXqzaxOV2ZtdpC50VyIHWOLaFMWLQY9EP+kMU9Po399WNOryThD9KrfF34z7kj43SnMmK3zZzSd+1irb7s4UmjVaAy4O3nWMA56vO5AAHLkOdfWA9oswdF23mgaXafHG6+G07OtuAHJTx1jdg0XkHPSxOKGrNxDrhR8KKEbSz8Sc2X/gwmBr6pUx5R2wHbmatNXrAAyIKw5RMPmxBaVNCf9t/1tSdnZxmRmHSaKv4iX3 siqin@localhost.localdomain

1.2.3 配置用户名与邮箱

# git config --global user.name "xiangxing98"
# git config --global user.email "xiangxing985529@163.com"

1.2.4 创建一个项目并联系上Github

Clone Git Repository

Repository URL: git@github.com:xiangxing/rstudio-test.git

Or https://github.com/xiangxing98/learn-linux

Project direction name: rstudio-test

Create project as subdirectory of: ~/siqin/project

绑定本定项目和learn-linux

# ~ cd /home/siqin/R_Data_Science/learn-linux
# ~ touch README.md
# ~ echo Start-data-analyse >> README.md
# ~ git init
# ~ git add .
# ~ git commit -m 'first comment'
# ~ git remote add origin git@github.com:xiangxing98/learn-linux.git
# ~ git push -u origin master

# Push an existing repository from the command line
# git remote add origin git@github.com:xiangxing98/learn-linux.git
# git push -u origin master

打开RStudio设置到/home/siqin/R_Data_Science/learn-linux目录， tools–>version control –> project setup

在RStudio中修改sayHello.r的代码

sayHello<-function(name){ print(paste(“hello”,name)) }

sayHello(“Siqin”) sayHello(“World”)

提交：点击tools–>version control–> commit

上传到github：点击tools–>version control–> push

RStudio有如此强大的功能，极大的降低了编程的门槛。还没有用过的同学，赶紧去体验一把吧。极客的感觉！

1.2.5 云平台中的RStudio

如果有同道中人想进一步折腾可以考虑和云平台相接合，例如EC2。 Amazon EC2是Amazon Web Services（简称Aws）中的一个主要产品。 Amazon EC2可以看作是一台云主机，云主机上不仅可以搭建网站，也可以运行RStudio Sever。 目前Amazon对微型主机提供了新注册用户免费试用一年的活动，爱折腾的同学可以试试。 当然国内的盛大云也有超微型主机提供，一年400多元，比较适合个人或小型公司使用。

1.2.5.1 使用浏览器运行R的好处

• 你可以从任何一台能上网的计算机去操作R

• 共享代码、数据和其它文档

• 多用户共享高性能计算资源与协同工作

• 集中管理R扩展包

设想一下，你作为公司数据分析师到客户那里做咨询或培训， 使用客户电脑和RStudio Server就能直接利用公司主机上的数据集和程序代码作演示， 而不必携带厚重的笔记本出差，这样岂不轻松又显得有科技含量。

1.3 报错解决方案记录

1.3.1 UNABLE TO CONNECT TO SERVICE

报错： 解決登入 DOCKER 的 RSTUDIO 遇到錯誤 RSTUDIO INITIALIZATION ERROR: UNABLE TO CONNECT TO SERVICE。打開瀏覽器網址: http://localhost:8787/ 在 Username 與 Password 輸入剛剛建立的帳號密碼，卻遇到錯誤 Rstudio Initialization Error: Unable to connect to service

1.3.1.1 解決方式：

法1: 不需要額外建立帳號，直接輸入預設的帳號 rstudio 與密碼 rstudio 法2: 啟動 Container 指定帳號密碼。 (如果 Container 已經啟動，需要停止，避免衝到相同 port )

1.3.1.2 综合参考博客：

1、http://www.linuxidc.com/Linux/2012-02/54610.htm

2、http://blog.fens.me/r-rstudio-server/

3、http://www.hawkinqian.com/zh/r-cloud-deploying-rstudio-server/

1.3.2 安装tidyverse出现的错误-退出狀態的值不是0

# install.packages(c("xml2","httr","rvest"))
# install.packages(c("rmarkdown","xml2","httr","rvest","tidyverse","bookdown","bookdownplus"))

1.3.2.1 解决方法

# XML 包退出狀態的值不是0
# sudo yum install libxml*
# 或者
# sudo yum install libxml2-devel

# 其他是httr 以及日vest包退出狀態的值不是0的解决方案
# sudo yum install openssl-devel
# sudo yum install libcurl-devel

1.3.3 安装REmap出现的错误dependency ‘XML’ is not available for package ‘REmap’

# library("devtools")
# install_github('lchiffon/REmap')
# dependency ‘XML’ is not available for package ‘REmap’

1.3.3.1 解决方法

# install.packages("XML")